展館以“海上河姆渡,千年稻香村”為主題。一件件文物述說著遠古生活的陳跡,金燦燦的水稻匯聚了五千年的天地精華。策展以時間為序列、文化專題為脈絡,依次展示序廳、海島探源、文明曙光、稻作東傳、遺風馀俗、光前裕后和多功能區。建成后成為華東地區展示“史前文明”的一張“金名片”。